Les gestionnaires de paquets les plus populaires sont probablement apt-get, aptitude, synaptic et Software Center. Il y en a d'autres (Linux Mint a ses propres versions, et d'autres sont conçues pour KDE), mais ce sont celles que vous rencontrerez le plus souvent.
apt-get est un outil de ligne de commande simple. C'est pratique si vous connaissez le nom exact du paquet que vous voulez installer et que vous ne voulez pas passer du temps à cliquer sur une interface graphique pour l'obtenir.
aptitude est très similaire à apt-get, et j'ai entendu dire que cela convient mieux aux situations de dépendance folles. Lequel est vraiment meilleur est discutable.
synaptic est une interface graphique de bas niveau. C'est un bon choix si vous êtes un utilisateur assez avancé mais que vous n'êtes pas à l'aise avec les utilitaires de ligne de commande.
Software Center est une nouvelle interface graphique conviviale de très haut niveau. Les logiciels sont bien classés afin que, si vous ne savez pas exactement quelle application vous voulez, vous pouvez trouver rapidement ce dont vous avez besoin. Le Software Center se distingue également par le fait qu’il est le seul gestionnaire de packages de cette liste qui vous permet d’acheter des applications commerciales.
dpkg est un standard de gestionnaire de paquets de bas niveau moins utilisé pour la plupart des systèmes basés sur Debian. En réalité, apt-get, aptitude, synaptic et le centre logiciel Ubuntu ne sont que des front-end pour dpkg ou apt, qui est en soi un frontal pour dpkg.
En réponse à votre question, "quel est le choix recommandé pour la gestion des paquets au quotidien", je dirais que Software Center est recommandé pour la plupart des utilisations. Mais à mesure que vous gagnerez en expérience, vous trouverez certaines des fonctionnalités des gestionnaires de paquets de bas niveau utiles.